Strand-seq первоначально был предложен как инструмент для выявления обменов сестринских хроматид. Будучи действием, которое локализовано в отдельных клетках, секвенирование DNA более чем одной клетки полностью рассеяло бы эти эффекты и предположило бы отсутствие событий SCE. Кроме того, классические методы секвенирования одной клетки не могут показать эти события из-за неоднородных смещений амплификации и информации о двухцепочечной конкатенации, что требует Strand-seq. Используя эталонную информацию о выравнивании, исследователи могут раскрыть SCE, если направленность унаследованной цепи матрицы изменяется.
выявление разориентированных контигов
разориентированные контиги присутствуют в эталонных геномах в значительной степени (например, 1% в эталонном геноме мышей). Strand-seq, в отличие от традиционных методов секвенирования, может выявить эти искажения. Разориентированные контиги присутствуют там, где наследование цепи изменяется от одного гомозиготного состояния к другому (например, WW на CC или CC на WW). Кроме того, это изменение состояния видно в каждой библиотеке Strand-seq, что усиливает присутствие неверно ориентированного контига.
Изображение 263A | Выходные данные BAIT, отображающие счетчики чтения для нитей Watson (W, зеленый) и Crick (C, синий). Каждая полоса счетчика считывания показывает количество анализов, сопоставленных с конкретным интервалом 200 кб эталонного генома. Отсюда делается вывод о наследовании родительской цепочки шаблона. Например, если обе копии хромосомного сегмента размером 200 т.п.н. в дочерней клетке были синтезированы из цепей матрицы Ватсона в родительской клетке, это было бы представлено большой зеленой полосой, указывающей на чисто W-выравнивание в этой хромосомной области. Также переключение между гомозиготным и гетерозиготным состояниями наследования матричной цепи интерпретируется как обмены сестринских хроматид (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Автор : Yavor Mendel
Комментарии
Отправить комментарий