разориентированные контиги присутствуют в эталонных геномах в значительной степени (например, 1% в эталонном геноме мышей). Strand-seq, в отличие от традиционных методов секвенирования, может выявить эти искажения. Разориентированные контиги присутствуют там, где наследование цепи изменяется от одного гомозиготного состояния к другому (например, WW на CC или CC на WW). Кроме того, это изменение состояния видно в каждой библиотеке Strand-seq, что усиливает присутствие неверно ориентированного контига.
выявление неслучайной сегрегации сестринских хроматид
до 1960-х годов предполагалось, что сестринские хроматиды случайным образом разделяются на дочерние клетки. Однако с тех пор в клетках млекопитающих наблюдается неслучайная сегрегация сестринских хроматид. Было предложено несколько гипотез для объяснения неслучайной сегрегации, включая постулат Immortal Strand и постулат Silent Sister, одна из которых, мы надеемся, может быть проверена методами, включающими Strand-seq.
"Гипотеза бессмертного нити"
Изображение 263A | Выходные данные BAIT, отображающие счетчики чтения для нитей Watson (W, зеленый) и Crick (C, синий). Каждая полоса счетчика считывания показывает количество анализов, сопоставленных с конкретным интервалом 200 кб эталонного генома. Отсюда делается вывод о наследовании родительской цепочки шаблона. Например, если обе копии хромосомного сегмента размером 200 т.п.н. в дочерней клетке были синтезированы из цепей матрицы Ватсона в родительской клетке, это было бы представлено большой зеленой полосой, указывающей на чисто W-выравнивание в этой хромосомной области. Также переключение между гомозиготным и гетерозиготным состояниями наследования матричной цепи интерпретируется как обмены сестринских хроматид (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Автор : Yavor Mendel
Комментарии
Отправить комментарий